Категории программ

Новые программы

Unipro UGENE

Unipro UGENE Август 10, 2017 0

Unipro UGENE — свободное биоинформационное программное обеспечение. Может работать на персональном компьютере с Microsoft Windows, Mac OS X или Linux.

Unipro UGENE предоставляет графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования (NGS) и т. д.. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (в базе данных лаборатории).

В состав Unipro UGENE включены десятки популярных биоинформационных алгоритмов и инструментов, а также собственные разработки для работы с этими данными в контексте геномики, эволюционной биологии, вирусологии и других дисциплин. Для всех инструментов также предоставляется графический интерфейс, что облегчает анализ этих данных биологами без опыта программирования.

Unipro UGENE предоставляет возможность потокового анализа большого количества данных с помощью “Дизайнера вычислительных схем”. Вычислительная схема при этом составляется из различных блоков: считывания данных, применения встроенных алгоритмов/инструментов, записи данных. При необходимости, в схему могут быть добавлены блоки произвольных инструментов командной строки, скриптовые блоки и т. п.. В дизайнере имеются уже готовые примеры схем (для аннотирования последовательностей, конвертирования форматов, анализа данных секвенирования и другие).

Помимо графического интерфейса Unipro UGENE предоставляет интерфейс командной строки. В частности, составленная в дизайнере вычислительная схема также может быть запущена из командной строки.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, Unipro UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач.

Основные возможности Unipro UGENE

Ниже представлены основные возможности продукта:

ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee;

NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, серверы DAS;

прямых, обратных, тандемных;

Поддерживаемые Unipro UGENE форматы биологических данных

FASTA (.fa), GenBank (.gb), EMBL (.emb), GFF (.gff), GTF (.gtf), BED (.bed), PDW (.pdw)

Clustal (.aln), MSF (.msf), Stockholm (.sto), Nexus (.nex), PHYLIP (.phy)

PDB (.pdb), MMDB (.prt)

ABIF (.abi), SCF (.scf)

Sequence Alignment/Map (SAM) (.sam), бинарная версия SAM (BAM) (.bam), ACE (.ace), FASTQ (.fastq)

Newick (.nwk), NEXUS (.nex)

Bairoch (информация о ферментах), HMM (HMMER профили), PWM и PFM (весовые матрицы), SNP и VCF4 (геномные вариации)

Награды Unipro UGENE

Unipro UGENE

Ссылки

Сайт Unipro UGENE

Скачать Unipro UGENE для Microsoft Windows XP

Скачать Unipro UGENE 32-bit для Microsoft Windows Vista, 7, 8, 10

Скачать Unipro UGENE 64-bit для Microsoft Windows Vista, 7, 8, 10

2D и 3D , Биоинформатика , Графика и дизайн , Компоненты и библиотеки , Медицина , Образование и наука , Разработчику , Чертёж и САПР

Оставить комментарий