LAMMPS

23 Лютого, 2014 1

LAMMPS (англ. Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) – свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий.

Пакет LAMMPS может применяться для крупных расчётов (до десятков миллионов атомов ). Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI.

Пакет LAMMPS распространяется по лицензии GNU General Public License и доступен в виде исходных кодов, а также в виде скомпилированных пакетов для операционной системы Microsoft Windows.

Особенности LAMMPS

Можно скомпилировать как параллельную версию LAMMPS (использует MPI), так и версию для запуска в однопроцессорном режиме.
В LAMMPS реализована поддержка большинства двухчастичных и многочастичных короткодействующих потенциалов (потенциалы Леннард-Джонса, Морзе, Юкавы, EAM, AI-REBO).
Реализованы методы Эвальда и PPPM (Particle-particle particle-mesh) для расчётов сил в системах с кулоновским взаимодействием.
Кроме МД, LAMMPS может применяться для проведения расчётов мезоскопических систем и коллоидных растворов.

Для этого реализованы методы перидинамики, DPD (диссипативная динамика частиц), SRD (стохастическая вращательная динамика).

Использование списков соседей при расчётах короткодействующих сил.
Использование пространственной декомпозиции при расчётах на многопроцессорных системах.
Есть возможность записи атомных конфигураций в текстовый или бинарный файл.

Начальная конфигурация атомов для расчёта может быть как сгенерирована в программе, так и прочитана из бинарного/текстового файла.

Есть встроенные возможности анализа атомной конфигурации “на лету”:

построение парной корреляционной функции, определение координационного числа, параметра центральной симметрии и др..

Встроенные термостаты, баростаты, методы добавления внешних сил и потенциальных стенок.
Возможность вывода в нативный формат для визуализатора AtomEye.
Использование графических процессоров для расчёта (технология NVIDIA CUDA Toolkit).