4 Червня, 2016
0
PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) – бесплатное программное обеспечение для построения филогенетических деревьев. Пакет состоит из 35 программ, которые не имеют графического интерфейса. Входящие данные представлены в собственном формате PHYLIP. Файл outtree, содержащий дерево, представлен в универсальном Ньюик-формате.
С сентября 1980 года, момента первого выхода программы, имеет более 28000 официально зарегистрированных пользователей.
Существует ряд программных продуктов, предоставляющих графический интерфейс к функционалу PHYLIP. На русском языке бесплатно распространяется система Unipro UGENE, позволяющая строить деревья по алгоритмам PHYLIP, визуализировать их, а также сохранять в формате Newick.
Программы, входящие в PHYLIP
Оценивает филогению белковых последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
Оценивает филогению ДНК последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
ДНК метод ветвей и границ. Ищет все наиболее экономные филогении для аминокислотных последовательностей.
Интерактивное построение филогении из аминокислотных последовательностей, оценка при помощи метода максимальной экономии для ДНК.
Оценка филогении по данным аминокислотных последовательностей при помощи критерия совместимости.
Оценивает филогению по нуклеотидным последовательностям используя метод максимального правдоподобия.
ДНК метод максимального правдоподобия с молекулярными часами.
Оценивает филогению по последовательностям аминокислот при помощи метода максимального правдоподобия.
Метод максимального правдоподобия с молекулярными часами для белковых последовательностей.
Оценка филогении методом максимального правдоподобия с использованием информации о сайтах рестрикции (присутствие или отсутствие индивидуальных сайтов).
Для данных о последовательности нуклеиновой кислоты по четырем видам, вычисляет филогенетические инварианты Lake’s и Cavender’s, которые проверяют альтернативную топологию дерева.
Метод расстояний для ДНК, который считает по аминокислотным последовательностям 4 разные дистанции между особями. Расстояние затем может быть использовано в программах с матрицами расстояний.
Оценка расстояния по методу наибольшего правдоподобия.
Расстояния, рассчитанные по данным о сайтах рестрикции или данных о фрагментах рестрикции.
Читает данные и выдает набор данных при помощи статистического бутстрэпа.
Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи “модели совокупного дерева”, согласно которой расстояния, как ожидается, будут равняться суммам длин ветвей между видами.
Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash с молекулярными часами. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи “ультраметрической” модели, которая совпадает с моделью совокупного дерева, за исключением того, что во внимание приняты эволюционные часы.
Реализация метода Neighbor-Joining (метода присоединения соседей) и метода UPGMA (метод невзвешенной попарной группировки с усреднением).
Оценивает филогению по данным частоты генов методом максимального правдоподобия (все различия из-за дрейфа генов в отсутствие новых мутаций). Эта программа также может проводить анализ методом максимального правдоподобия признаки, которые эволюционируют как модель броуновского движения, предполагая, что признаки эволюционируют с равной скоростью.
Читает дерево из файла и выдает независимый различия для признаков, чтобы затем использовать их в многопеременной статистикой.
Программа генетических расстояний, которая считает т по одной из трех формул генетических расстояний используя данный о частоте генов.
Неупорядоченный метод бережливости со многими состояниями, рассматривающий отдельные признаки.
Оценка филогении некоторыми методами бережливости для дискретных признаков с двумя состояниями (0 и 1). Позволяет использовать метод бережливости Вагнера, метод бережливости Camin-Sokal или их произвольную комбинацию.
Разделение или связывание смешанных методов, которые находят все большую бережливость филогении для данных по отдельным признакам с двумя состояниями, для метода Вагнера, Camin-Sokal, и смешанных критериев бережливости используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
Интерактивное конструирование филогении от данных по отдельным признакам с двумя состояниями (0 и 1). Оценивает бережливость и критерии совместимости той филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
Оценка филогении при помощи Dollo или критериями бережливости полиморфизма данных об отдельных признаках с двумя состояниями (0 и 1).
Находит все большинство бережливой филогении для данных отдельных признаков с двумя состояниями, для Dollo или критериев бережливости полиморфизма, используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
Интерактивное конструирование филогении от данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1) используя Dollo или критерии бережливости полиморфизма. Оценивает бережливость и критерии совместимости филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
Находит самую многочисленную клику взаимно совместимых знаков и филогению, которую они рекомендуют для данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1). Самая многочисленная клика (или все клики в пределах данного диапазона самого большого размера) находятся очень быстрым методом поиска ветвей и связей.
Перекодирующая программа признака, которая берет дискретные данные со многими состояниями с признаком состояния деревьев и производит соответствующий набор данных с двумя состояниями (0 и 1).
Программа рисует не укорененное дерево подобно drawgram.
Консенсусная программа дерева, которая вычисляет консенсус дерева при помощи метода majority-rule consensus tree, который также позволяет легко находить строгий консенсус дерева.
Вычисляет Robinson-Foulds симметричные различия расстояний между деревьями , которые допускают различия в топологии дерева.
Интерактивная программа перестройки дерева, которая читает в дереве (с длинами ветвей, если необходимо) и позволяет вам переукоренять дерево, щелкать ветвями, менять имена видов и длины ветвей, и затем выписывать результат. Может использоваться, чтобы конвертировать укорененные и не укорененные деревья между собой.
Ссылки
