5 Серпня, 2014
0
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент.
Используя программу BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. BLAST является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков.
Программа BLAST была разработана учёными Stephen Altschul, Warren Gish, Webb Miller, Eugene Myers, и David J. Lipman в системе Национальных институтов здравоохранения США и была опубликована в журнале Journal of Molecular Biology in 1990.
Классификация программ серии BLAST
Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:
- megablast — быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
- dmegablast — быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
- blastn — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др..
предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.
- blastp — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
- cdart — сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
- rpsblast — сравнение с базой данных консервативных доменов,
- psi-blast — сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
- phi-blast — поиск белков, содержащих определённый пользователем паттерн и др..
способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:
- blastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает её с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
- tblastn — изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
- tblastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает её с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.
предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.).
прикладные программы, использующие BLAST:
- bl2seq — сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний,
- VecScreen — определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др..
Ссылки
